Theo ghi nhận của Tuổi Trẻ, hầu hết các cá nhân chuyển nhượng hợp đồng góp vốn mua bất động sản tại TP.HCM đều được tính thuế thu nhập cá nhân theo phương thức 25% trên chênh lệch giá bán trừ giá mua và các chi phí hợp lý.

Trong khi đó, đa số người chuyển nhượng lại muốn được tính thuế theo phương thức 2% trên giá trị chuyển nhượng vì số thuế phải nộp sẽ ít đi. Lý do người chuyển nhượng không muốn tính thuế 25% trên chênh lệch vì khoản chênh lệch giữa giá bán và giá mua khá lớn.

Tại Chi cục Thuế quận 7, hầu hết các trường hợp chuyển nhượng đã nộp hồ sơ trong sáng 5-10 đều bị áp thuế suất 25% trên chênh lệch giá bán trừ giá mua, đặc biệt là các trường hợp mới chuyển nhượng lần đầu tiên. Cơ quan thuế chỉ chấp nhận trừ các chi phí liên quan đến việc chuyển nhượng như phí môi giới, phí chuyển nhượng nếu người chuyển nhượng có hóa đơn đỏ.

Riêng lãi vay, trên hợp đồng vay và biên lai thu lãi phải ghi rõ đã trả lãi cho hợp đồng góp vốn đang chuyển nhượng mới được khấu trừ chi phí. Nếu vay của người thân, dù hợp đồng vay có công chứng, thanh toán vốn, lãi qua ngân hàng cũng không được coi là chi phí hợp lý, hợp lệ. Với cách tính này, các trường hợp có chênh lệch giá bán và giá mua lớn chưa vội nộp thuế để còn tính toán lại.

Theo ghi nhận của Tuổi Trẻ, tại các chi cục thuế ở TP.HCM tập trung nhiều dự án căn hộ, đất nền... lượng người đến nộp hồ sơ rất đông. Tuy nhiên, chi cục thuế địa phương chỉ mới nhận hồ sơ chứ chưa ra thông báo thuế do còn nhiều điểm chưa rõ nên chờ Cục Thuế TP.HCM hướng dẫn thêm. Một số chi cục thuế nhận hồ sơ chuyển nhượng và hẹn giải quyết trong vòng bảy ngày làm việc.

Rối nhất là những trường hợp mà hợp đồng góp vốn đã chuyển nhượng qua nhiều lần. Theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế, các trường hợp này sẽ được nộp thuế thu nhập cá nhân 2% trên tổng giá trị chuyển nhượng.

Tuy nhiên, trên thực tế để được áp dụng thuế suất 2% phải qua khâu chứng minh hợp đồng đã được chuyển qua nhiều chủ và hiện tại không xác định được giá vốn. Những trường hợp chuyển nhượng mà trước đây chủ dự án ký phụ lục hợp đồng thì dễ cho người chuyển nhượng vì đã thể hiện rõ quá trình mua bán.

Riêng trường hợp chủ đầu tư thanh lý hợp đồng cũ và ký lại hợp đồng với người mua mới theo giá gốc thì rất nhiêu khê. Cơ quan thuế căn cứ vào giá gốc trong hợp đồng và giá trong hợp đồng mua bán hiện tại để xác định giá vốn và căn cứ vào đó để tính thuế.

Có trường hợp giá trong hợp đồng gốc chỉ là giá mua quyền sử dụng đất và đã được sang tay nhiều lần, người mua gần nhất đã xây nhà và bán lại với giá gấp 10 lần giá ghi trong hợp đồng nhưng vẫn bị áp thuế 25% trên chênh lệch. Người bán dẫn ra quy định “bất động sản đã được chuyển nhượng nhiều lần” không thuộc trường hợp áp thuế suất 25% nhưng cơ quan thuế đòi giấy tờ chứng minh từ những lần chuyển nhượng trước thì mới... đủ điều kiện được nộp theo phương thức 2%.